Ovo je advertisement!

http://bukkit.gamepedia.com/Installing_Plugins
.jar fajl ubacujes u plugins folder putem webftp-a ili nekog ftp klijenta.

Ides na FTP udjes u file plugins ides na otpremi plugin ili fajl i ubacis plugin koji ti treba.Nakon toga restartujes server i imaces plugin na svom serveru